REDES BOOLEANAS: UMA FERRAMENTA PARA O ESTUDO DA REGULAÇÃO GÊNICA
Palavras-chave:
Regulação gênica. Redes booleanas. Kauffman.Resumo
A regulação gênica é um fenômeno que envolve a interação de múltiplos elementos concomitantemente. Uma possível abordagem para o estudo desse fenômeno são os modelos booleanos de redes de regulação. O objetivo deste artigo é apresentação dos conceitos introdutórios relacionados a essa categoria de modelo. Dessa forma, apresentamos conceitos básicos sobre a regulação gênica e sobre a modelagem de redes genéticas por meio de grafos direcionados. Apresentamos também dois tipos de regras utilizadas para estudar a dinâmica da regulação. Finalmente, explicamos os resultados tipicamente produzidos por esses modelos e os interpretamos de acordo com a hipótese fundamental de Kauffman.
Referências
ALBERTS, Bruce et al. Essential cell biology. Garland Science, 2013.
BINTU, L. et al. Transcriptional regulation by the numbers: applications. Current opinion in genetics & development, v. 15, n. 2, p. 125-135, 2005.
BORNHOLDT, S.. Boolean network models of cellular regulation: prospects and limitations. Journal of the Royal Society Interface, v. 5, n. suppl_1, p. S85-S94, 2008.
BOWER, J. M.; BOLOURI, H. (Ed.). Computational modeling of genetic and biochemical networks. MIT press, 2004.
GJUVSLAND, A. B; PLAHTE, E.; OMHOLT, S. W. Threshold-dominated regulation hides genetic variation in gene expression networks. BMC Syst Biol. 2007;1:57.
HINKELMANN, F.; JARRAH, A. S. Inferring biologically relevant models: nested canalyzing functions. ISRN Biomathematics, 2012.
JUST, W.; SHMULEVICH, I.; KONVALINA, J. The number and probability of canalizing functions. Physica D: Nonlinear Phenomena, v. 197, n. 3-4, p. 211-221, 2004.
LI, F. et al. The yeast cell-cycle network is robustly designed. Proceedings of the National Academy of Sciences, 101(14), 4781-4786, 2004.
KAUFFMAN, S. A. The origins of order: Self-organization and selection in evolution. OUP USA, 1993.
MUZ, B., de la PUENTE, P., AZAB, F., & AZAB, A. K. (2015). The role of hypoxia in cancer progression, angiogenesis, metastasis, and resistance to therapy. Hypoxia (Auckland, N.Z.), 3, 83–92. doi:10.2147/HP.S93413.
RIVES, A. W.; GALITSKI, T. Modular organization of cellular networks. Proceedings of the National Academy of Sciences, v. 100, n. 3, p. 1128-1133, 2003.